Την εν σαρκί ζωήν σου κατεπλάγησαν, Αγγέλων τάγματα, πώς μετά σώματος, προς αοράτους συμπλοκάς, έχώρησας άοίδιμε, και κατετραυμάτισας, των δαιμόνων τάς φάλαγγας. Όθεν Αθανάσιε, ό Χριστός σε ήμείψατο πλουσίαις δωρεαίς. Διό Πάτερ πρέσβευε, σωθήναι τάς ψυχάς ημών.

Αναμφισβήτητα ο πραγματικός διοργανωτής των μοναστικών κοινοβίων στον Άθω υπήρξε ο Όσιος Αθανάσιος. Με μελανά χρώματα περιγράφεται στον βίο του ή κατάσταση των ασκητών στο Άγιον Όρος, όταν έφθασε εκεί ο όσιος. Δεν ασχολούνταν οι μοναχοί με την καλλιέργεια της γης, ούτε είχαν αχθοφόρα ζώα αλλά «καλύβας εκ μικρών πηξάμενοι ξύλων και οροφήν αυταίς εκ χόρτων συμφορηθείσαν επισχεδιάσαντες...». Μοναδική τροφή των ασκητών ήταν οι άγριοι καρποί των δέντρων. Ο Αθανάσιος όμως πίστευε ότι μέσα στους διαρκείς κινδύνους από τους Σαρακηνούς πειρατές του Χάνδακα και την ανασφάλεια, που αισθάνονταν oι αναχωρητές στους υποτυπώδεις οικισμούς τους μέσα σε ψαθοκαλύβες, δεν ήταν δυνατό να μεθοδευτεί η σκληρή συστηματική άσκηση των κοινοβίων της Ανατολής, την οποία είχε ο ίδιος διδαχθεί από τον πνευματικό του πατέρα Μιχαήλ Μαλέινο στο όρος του Κυμινά της Βιθυνίας.

Ο Όσιος Αθανάσιος, κατά κόσμον Αβραάμιος, γεννήθηκε στην Τραπεζούντα από εύπορους γονείς. Όταν γεννήθηκε είχε πεθάνει ο πατέρας του και γρήγορα έφυγε από τη ζωή και η μητέρα του. Την ανατροφή του ανέλαβε μια συγγενής της μητέρας του. Ο Αβραάμιος προοριζόταν για το διδασκαλικό στάδιο. Όταν όμως, σε μια επίσκεψή του στην Κωνσταντινούπολη, ο Βυζαντινός στρατηγός Ζεφινεζέρ τον παρουσίασε στον φημισμένο για τις αρετές του ηγούμενο της Μονής του Κυμινά Μιχαήλ Μαλέινο, ο Αβραάμιος αισθάνθηκε πως ο προορισμός του ήταν άλλος. Τότε συναντήθηκε για πρώτη φορά και με τον ανιψιό του Μιχαήλ, τον στρατηγό των Ανατολικών Νικηφόρο Φωκά (Ρ. Lemerle, La vie ancienne de S. Athanase l'Athonite, composee du debut du Χle siecle par Athanase de Lavra, Le Millenaire du Mont Athos). Ο Μιχαήλ Μαλέινος είχε γεννηθεί τo 894 και είχε καρεί μοναχός το 912. Τη Μονή του Κυμινά, στα βουνά της Βιθυνίας, είχε ιδρύσει το 925 (L. Petit, Vie et office de Michel de Μαleinote, Bibliotheque Hagiographique orientale 1903). Ο Αβραάμιος ακολούθησε τον Μιχαήλ Μαλέινο στο όρος του Κυμινά, όπου και έλαβε το μοναχικό σχήμα με το όνομα Αθανάσιος. Μέσα στα τέσσερα χρόνια της παραμονής του στα βουνά της Βιθυνίας φθάνει στην κορυφή της μοναχικής άσκησης «προς το μέγα της ησυχίας στάδιον» και καταφεύγει τελικά «εν ιδιαζοντί τίνι και ησυχαστικώ τόπω», όχι μακριά από τη Μονή Κυκλησή. Την εποχή αυτή επισκέπτεται τον θείο του Μιχαήλ ο στρατηγός των Ανατολικών Νικηφόρος Φωκάς, μαζί με τον αδελφό του μάγιστρο Λέοντα, που αργότερα έλαβε τον τίτλο του «κουροπαλάτη». H ομολογία του Μιχαήλ Μαλέινου, σύμφωνα με την οποία έδωσε στον Αθανάσιο «την της χάριτος διαδοχήν», έχει προκαλέσει διαταραχή ανάμεσα στους μοναχούς, στη σκήτη της μετανοίας του.
Ο Αθανάσιος φεύγει για το Άγιον Όρος, όπου ασκητεύει άγνωστος και μόνος. Εκεί πληροφορείται ότι ο μάγιστρος Λέων Φωκάς έχει λάβει τον τίτλο του «Μαγίστρου των Σχολών της Δύσεως». Φοβάται μήπως αποκαλυφθεί, γι' αύτο αλλάζει όνομα από Αθανάσιος σε Βαρνάβας και πηγαίνει να κρυφτεί στην περιοχή του Ζυγού, κοντά σε γέροντα ασκητή, προσποιούμενος τον αγράμματο δόκιμο. Ο Νικηφορος Φωκάς, που στο μεταξύ έχει πάρει «την αρχήν απάσης Ανατολής», προσπαθεί να ανακαλύψει τον Αθανάσιο. Υποπτεύεται ότι κρύβεται στον Άθω και γράφει στον «Κριτή του Θέματος της Θεσσαλονίκης». Αυτός, με τη σειρά του, απευθύνεται στον Πρώτο του Αγίου Όρους Στέφανο, ο οποίος, ύστερα από περιπέτειες, ανακαλύπτει τον Αθανάσιο-Βαρνάβα κατά την ετήσια σύναξη στο Πρωτάτο.

Ο μάγιστρος Λέων Φωκάς, μετά τη νίκη του εναντίον των Σκυθών νομάδων (Ούγγρων), το 958/959, πηγαίνει στον Άθω για να συναντήσει τον Αθανάσιο. Οι Αθωνίτες, που έχουν πληροφορηθεί πια για την πνευματική προσωπικότητα του Αθανασίου, αρχίζουν να συγκεντρώνονται γύρω του. Ο Αθανάσιος καταφεύγει στην άκρη του Άθω, στο ακρωτήριο Μελανά. Δεν έχει περάσει ένας χρόνος και φθάνει μήνυμα του στρατηγού Νικηφόρου Φωκά από την Κρήτη, όπου είχε εκστρατεύσει για να καταστρέψει το ορμητήριο των Αγαρηνών πειρατών. Οι Αθωνίτες συμβουλεύουν έντονα τον Αθανάσιο να βοηθήσει τον Νικηφόρο Φωκά και να φροντίσει για την απελευθέρωση τόσων αιχμαλώτων συνασκητών τους. Όταν φθάνει στην Κρήτη ο Αθανάσιος, οι Σαρακηνοί έχουν στο μεταξύ νικηθεί από τον ένδοξο στρατηγό Νικηφόρο Φωκά. Κατά το ετήσιο διάστημα της παραμονής του στο νησί, ο Νικηφόρος επαναλαμβάνει στον Αθανάσιο την επιθυμία του να μονάσει, και του παραχωρεί κάθε διευκόλυνση για να ιδρύσει ένα κατάλληλο προς της μοναχικές του πεποιθήσεις κοινόβιο.

Ο Αθανάσιος αρχίζει με μεγάλους κόπους την ανίδρυση του μοναστηρίου της Λαύρας, του τόπου της μετάνοιας του Νικηφόρου, το 961, τον χρόνο που κοιμήθηκε ο πνευματικός του πατέρας, ο μεγάλος ασκητής Μιχαήλ Μαλέινος. Στις 16 Αυγούστου 963 ο Νικηφόρος Φωκάς στέφεται αυτοκράτορας. Ο Αθανάσιος εγκαταλείπει την ανίδρυση της Λαύρας και φεύγει για την Κύπρο. Εκεί διαμένει στη Μονή των Ιερέων, κοντά στη Πάφο, όπου τον ανακάλυψε ο αυτοκράτωρ. Οι ικεσίες του αυτοκράτορα, η ανανέωση της ομολογίας του για την αμετάθετη απόφαση του να μονάσει και μια γενναία οικονομική βοήθεια τον πείθουν να επιστρέψει και να συνεχίσει το έργο του.
Επιστρέφει στο Άγιον Όρος και χτίζει Ναό και γύρω από το καθολικό κελιά, μαγειρίο, τράπεζα, νοσοκομεία, ξενώνες, υδραγωγείο, μύλο. Από παντού έρχονται μοναχοί για να επανδρώσουν τη μεγάλη μονή που χτίζει ο Αθανάσιος, με επιχορήγηση του αυτοκράτορα, ο οποίος υπεσχέθη ότι θα είναι αύριο συμμοναστής τους. Στο τυπικό της ανίδρυσης της Λαύρας ο Αθανάσιος περιγράφει τους αγώνες του για να εξημερώσει τον άγριο τόπο: «όσους δε κόπους και συντριβάς πεπόνθαμεν και πειρασμούς και ταλαιπωρίας υπομεμενήκαμεν και δόσεις εξόδων καταβεβλήμεθα εις τε λατομίας και κατορύξεις και χωμάτων και λίθων εκφόρησιν και φυτών και θάμνων και δένδρων εκτομήν και έκσπασιν, προς το δείμασθαι τον άγιον της υπεραγίας Θεοτόκου ναού, την τε της Λαύρας άπασαν κατασκήνωσιν...».

Η απρόσμενη δολοφονία όμως του Νικηφόρου Φωκά (10-11.12.969) δίνει την ευκαιρία στους εχθρούς του Αθανασίου, που σκανδαλίστηκαν από την οικοδομική του δραστηριότητα, να τον κατηγορήσουν στον νέο αυτοκράτορα Ιωάννη Τσιμισκή πως αλλοιώνει τον χαρακτήρα του Όρους: «οικοδομάς γαρ ανήγειρε πολυτελείς και πύργους και λιμένας ενήργησεν, επιρροάς τε υδάτων κατήγαγε και ζεύγη βοών ωνήσατο και εις κόσμον ήδη το Όρος μετεποίησεν, αγρούς και καρπούς γεννήματος εποίησεν... ότι τε τους αρχαίους νόμους παρακινεί και μεταποιείται τα παλαιά έθη και όρους». Και μόνο από το περιεχόμενο της κατηγορίας διαβλέπει κανείς τις τάσεις που υπήρχαν πάντα στο Όρος. Από τη μια μεριά ο ανοργάνωτος ασκητισμός, ο αναχωρητισμός, με επικεφαλής τον περίφημο Παύλο τον Ξηροποταμηνό, και από την άλλη οι προϋποθέσεις για ένα οργανωμένο και πειθαρχημένο κοινοβιακό σύστημα.

Ο αυτοκράτορας στέλνει στο Όρος τον ηγούμενο της Μονής του Αγίου Ιωάννου του Στουδίου Ευθύμιο, ο οποίος συγκεντρώνει στον ναό του Πρωτάτου τους ηγούμενους και βάζει τις βάσεις ενός νέου τυπικού (971 ή 972) που κυρώθηκε με αυτοκρατορικό χρυσόβουλλο, του περίφημου Τράγου. Η περγαμηνή αυτή, που έχει κατασκευαστεί από δέρμα τράγου και φυλάσσεται στα αρχεία της Ιεράς Κοινότητος στις Καρυές, έχει διαστάσεις 0,3165 / 0,485 και είναι το παλαιότερο έγγραφο που σώζεται με αυτοκρατορική υπογραφή. Ο Αθανάσιος στηρίχθηκε στους κανόνες του Θεοδώρου του Στουδίτη και συνέταξε το τυπικό της Λαύρας, πού υπήρξε κατόπιν το υπόδειγμα της διοργανώσεως και των άλλων μονών («του οσίου και Θεοφόρου πατρός ημών και ομολογητού Θεοδώρου, ηγουμένου του Στουδίου». Ο Άγιος Αθανάσιος συμπλήρωσε το «τυπικόν» με τη «διατύπωσιν» και την «υποτύπωσιν», όπου καθορίζονται οι λειτουργίες, τα γεύματα και κάθε λεπτομέρεια λειτουργίας του κοινοβίου.

Ο μέγας στρατηγός και αυτοκράτωρ Νικηφόρος Φωκάς είχε προικίσει τη Μονή της Λαύρας με μέρος από τις κρατικές προσόδους και από λάφυρα των μαχών, και της είχε δωρήσει πολλά μετόχια, άγια λείψανα και έργα τέχνης. Μετά τη δολοφονία του όμως, από τη σύζυγό του Θεοφανώ και ανθρώπους του ανηψιού του, Ιωάννη Τσιμισκή, ο Αθανάσιος δεν θέλησε πια να ξαναπάει στην Κωνσταντινούπολη, μπόρεσε όμως να εξασφαλίσει προστασία για τη Λαύρα του, στέλνοντας τον μαθητή του Ιωάννη τον Ίβηρα στον πατριώτη του νέο αυτοκράτορα Ιωάννη Τσιμισκή. Με αυτό τον τρόπο κατόρθωσε να διπλασιάσει τα εισοδήματα του μοναστηριού και να αποκτήσει αργότερα πολλά κτήματα στη Χαλκιδική και στον Άθω από τον Βασίλειο Β΄ τον Βουλγαροκτόνο. Tα κτήματα της μονής πολλαπλασιάστηκαν κατά τους επόμενους αιώνες είτε με αυτοκρατορικά χρυσόβουλλα, είτε με αφιερωτήρια ιδιωτών.

Η ίδρυση και λειτουργία της Λαύρας αποτελεί σταθμό, γιατί από τότε τα ψαθοκάλυβα των αναχωρητών αντικαθιστούν οι «ευκτήριοι οίκοι». Ο όσιος Αθανάσιος επέβλεπε προσωπικά κάθε λεπτομέρεια οργανωτική της μονής και παρακολουθούσε κάθε οικοδομική δραστηριότητα. Η υπερβολική κόπωση υπήρξε μοιραία για τη ζωή του. Ανεβασμένος «επί της τεκτονικής κλίμακος» για να παρακολουθήσει την πρόοδο των εργασιών ανοικοδομήσεως του καθολικού, έπεσε μαζί με τους μαΐστορες και «εκοιμήθη» στις 5 Ιουλίου του 1000 ή 1001. Ο τάφος του ευρίσκεται μέσα στο Ναό, σε παρεκκλήσιο και ζήτησε ποτέ να μην γίνει ανακομιδή των λειψάνων του. Όποτε έγινε προσπάθεια, έβγαινε από το τάφο του φωτιά. Πολλές φορές δε μυροβλήζει.